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烈冰單細胞瀏覽器教你完美解讀ScRNA-Seq數據分析結果 時間:2019-11-25

烈冰單細胞瀏覽器教你完美解讀ScRNA-Seq數據分析結果

相信很多小伙伴在攻克九九八十一難做完分析時,是這樣的,滿心期待來看結果時,卻變成了這樣。

l  面對大量繁瑣的分析結果文件時,說不清理還亂;

l  想要獲得每個Cluster中基因表達量原始信息而翻遍整個文件夾?

l  想得到不同Marker基因的Feature Plot?一遍遍的寫代碼重跑RDS著色?

l  為了得到配色滿意、符合文章發表要求的圖片,耗費大量的時間和精力來修圖,嚴重推遲文章發表進度。

現在這些統統都不是問題??!小編幫你輕輕松松解決??!無需復雜的PS操作,輕松一鍵得到滿意的細胞類型鑒定t-SNE圖(圖1右),留下大把的時間去挖掘深層次的生物學意義?。?! [i1]

圖1 細胞類型鑒定前(左)、后(右)顏色及名稱修改對比圖

烈冰生信團隊根據豐富的實戰經驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器(Single Cell Browser),不僅可以將海量復雜的結果文件可視化,還是國內首款可以實現三維立體化展示的軟件。下面就跟小編一起來了解一下這款神器吧。

小編將從Cluster相關信息、細胞類型的鑒定、基因表達情況、分析結果的2D/3D圖像轉換四個角度對單細胞瀏覽器的主要功能進行簡單文字說明和操作演示。(文末配有單細胞瀏覽器的整體視頻~)

1.Cluster相關信息

單細胞瀏覽器不僅可以對細胞聚類的結果進行可視化展示,還可以對:(1)不同Cluster對應的細胞數量、基因表達量、RNA表達量、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等;(2)所選Cluster的基因數,UMI數量、線粒體RNA占比等具體信息進行展示,方便大家一鍵尋找~

2. 細胞類型的鑒定

單細胞瀏覽器還為大家提供一定的個性化服務(所有圖片均可下載,并且都達到了文章發表的要求哦~):

1)      單細胞瀏覽器默認展示選定Cluster中Top20的Marker基因;用戶也可以通過一鍵導入gene list構建個性化基因列表;輕松一點即可展示任一Marker基因的Feature plot。

2)      判斷好細胞類型后,可以通過修改Cluster的顏色和名稱,從而得到配色滿意、類型確定的t-SNE圖。

3.基因表達情況

單細胞瀏覽器可以通過基因表達量、Heatmap、Violin圖三種表現形式對基因在Cluster中表達情況進行多方面展示,最大程度上滿足用戶需求。

1)      表達量表格,以表格的形式詳細描述所有基因在Cluster中的表達量;并可以鏈接到NCBI,查看基因的詳細注釋信息。

2)      Heatmap圖:整體展示marker基因在每個Cluster中的表達情況,可以直觀的觀察細胞類群表達的基因模式及信息,幫助判斷細胞類型。

3)      Violin圖展示基因表達高低差異,單細胞瀏覽器可以通過挑選關注的基因、更換Cluster的名稱來繪制Violin圖,還可以通過調節圖片的寬、高和系數比來調節美觀。

4.分析結果的2D/3D圖像轉換

(最最最炫酷的來咯~)

單細胞瀏覽器可以針對t-SNE圖和pseudotime結果進行三維立體展示,方便大家可以更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。


單細胞瀏覽器生成的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖均可達到文章發表的要求;界面簡潔明了,一鍵搜索關注基因節省了大量的時間;3D立體化展示,方便更加直觀深入的觀察。

有沒有怦然心動的感覺?操作簡單,功能強大。沒錯,這就是你想要的單細胞瀏覽器。快來親自體驗一下吧 。詳細的操作動圖可以點擊https://mp.weixin.qq.com/s/wPhNRl4xjRHxz-FIjZzElw瀏覽哦~


網址:http://singlecell.novelbrain.com

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