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  • 242020/08
  • 212020/08
  • 102020/08

    置 頂烈冰助力||RNA-seq揭示老化有機氯農藥帶來的長期環境風險

    原文鏈接:https://doi.org/10.1016/j.envint.2020.105778往期回顧:空間轉錄組樣本不合格?細節決定成敗,烈冰送您最詳細的空轉樣本準備指南空間轉錄組||烈冰生物關鍵技術——冷凍切片制備技術干貨||揭秘空間轉錄組實驗核心步驟——掃描成像和組織透化優化單細胞測序在生命科學領域的應用研討會精彩回顧ScATAC-seq——原理及實驗流程大起底烈冰助力||可變剪接+全轉錄組測序助力客戶文章三連發三級淋巴結構TLS,何以成為腫瘤免疫治療的新貴?【空間轉錄組】第一彈之原理與樣本制備,你都了解了嗎?【空間轉錄組】第二彈之一文帶你了解空間轉錄組研究思路和應用領域單細胞核轉錄組測序(snRNA-Seq)揭示人與小鼠

  • 032020/07

    置 頂技術干貨||揭秘空間轉錄組實驗核心步驟——掃描成像和組織透化優化

    自烈冰生物關鍵技術——冷凍切片制備亮相以后,很多老師都對烈冰的空間轉錄組測序保持極大地關注,尤其之前小編請到了實驗團隊大神Dr.Han親自上手,結合實際操作詳細介紹了樣本制備的整個過程,老師們紛紛反饋注意到了很多之前忽略的細節操作。那么,本期小編就持續高能輸出技術干貨,介紹一下烈冰生物的數字切片掃描成像方案以及空轉實驗的核心步驟——組織透化優化,全程高能,做好準備哦~掃描成像的分辨率是影響組織切片原始圖像信息精度和準確度的重要因素。將組織切片掃描為包含所有組織信息的高分辨率電子圖片,可以在電腦上進行放大和縮小,如同在顯微鏡上操作一樣,真正將物質的切片標本快速數字化,實現病理數字閱片。組織透化是指將組織切片放置在含有與RNA結合捕獲探

  • 192020/06

    置 頂ScATAC-seq——原理及實驗流程大起底

    烈冰生物單細胞測序產品另一“虎將”——ScATAC-seq一經上線就迅速走紅,引起不小的轟動!很多老師也對單細胞ATAC測序產生了極大的興趣。本期,小編就帶大家一起來詳細了解一下ScATAC-seq測序的原理和實驗流程介紹。ScATAC-seq作為ATAC-seq的進階版,能夠區分實驗樣本的細胞類型,細胞分化過程開放性染色質有什么差異,調控了哪些信號通路等等??偟膩碚f,ScATAC-seq能在基因組水平上幫助我們了解細胞的轉錄調控過程,揭示不同調控因子位點,從表觀遺傳學的角度來解析基因信息。ScATAC-seq在開放染色質圖譜繪制,細胞分化發育,疾病的致病機制,腫瘤微環境、生物標志物等方面具有極大的應用前景。要了解ScATAC-se

  • 052020/06

    置 頂空間轉錄組樣本不合格?細節決定成敗,烈冰送您最詳細的空轉樣本準備指南

    上一期小編推出烈冰生物關鍵技術——冷凍切片制備之后,很多老師都表示很感興趣,銷售部同事訂單直線增加。小編整理售前答疑的過程中,發現有老師們對樣本準備階段有很多疑問。那么,本期小編就來詳細介紹一下空間轉錄組(SpatialTranscriptome)樣本制備過程的具體問題,提供詳細的樣本準備指南,助力每一份珍貴的樣本都能順利進行空間轉錄組實驗。烈冰可接受樣本類別:凍存組織,OCT包埋組織。如果樣本充足,最好準備2份及以上,一份用于RNA質控和后續的正式切片實驗;一份留作備用;如果組織樣本珍貴稀缺,可以酌情減少樣本數量。我們請到了烈冰實驗團隊大神Dr.Han親自上手,針對小鼠的不同組織進行實驗,不斷對樣本制備操作步驟進行優化,為老師們實

  • 252020/05

    置 頂Visium空間轉錄組||烈冰生物關鍵技術——冷凍切片制備

    前幾期,小編已經簡單介紹了Visium空間轉錄組的原理、實驗流程(【空間轉錄組】第一彈之原理與樣本制備,你都了解了嗎?),以及高分文章的實驗設計和研究思路,從小編分享的這幾篇空間轉錄組的高分文章中,可以看出冷凍切片的制備是整個空間轉錄組實驗的重點,決定了測序數據的質量。為了獲得能夠指示組織內真實表達水平的切片,實驗過程需要在低溫環境下快速完成,以確保組織內部RNA穩定性,這也極大考驗實驗人員的熟練度和專業性!那我們今天就來說一說冷凍切片需要注意的問題。大部分組織樣本都遠超過芯片捕獲區域的面積(6.5mmX6.5mm),因此,切割區域,切割剖面等實驗設計對于樣本利用率最大化、成本最低化十分重要。2、切片的實驗設計大部分組織樣本都遠超過

  • 142020/04

    置 頂【空間轉錄組】第二彈之一文帶你了解空間轉錄組研究思路和應用領域

    上一期,我們介紹了空間轉錄組測序的原理和實驗流程,特別是在樣本準備過程中需要注意的地方,(【空間轉錄組】第一彈之原理與樣本制備,你都了解了嗎?)今天,小編就結合具體文章案例來分享一些目前空間轉錄組的分析思路。首先來給大家分享一篇18年6月份發表在《NatureCommunication》上的文章,該研究通過利用空間轉錄組(ST)測序,分析表征空間差異基因和途徑。一、發表時間:2018.06發表期刊:NatureCommunication影響因子:11.878研究方向:腫瘤-前列腺癌研究策略:將患者根治性切除后的前列腺癌組織根據病理學注釋做了12張組織切片(具體位置如上圖所示),共分析了5910個區域,并利用反卷積方法分析轉錄組數據。

  • 082020/04

    置 頂【空間轉錄組】第一彈之原理與樣本制備,你都了解了嗎?

    其實,空間轉錄組的概念早在2016年就已經存在了,目前已經發表的空間轉錄組技術有Slide-seq、LCM-seq、seqFISH、MERFISH、Liversinglecellzonation以及Tomo-seq。但是這些方法存在操作復雜、檢測精度不準確、基因和細胞檢測量的限制等問題,無法大規模商業推廣?;赟patialTranscriptomics升級改進后的Visium空間轉錄組,是目前唯一一款高精度、高通量的商業化空間轉錄組測序方案,工作流程簡單,從組織切片到文庫構建僅需一天,大大節省時間成本。其本質是通過空間條形碼捕獲探針,高通量的原位檢測冷凍組織切片中不同區域的RNA的表達模式以及空間分布。當組織冷凍切片附在帶有spa

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